La peste tuait déjà des humains il y a 5 500 ans : l'ADN ancien réécrit l'histoire de la maladie

L'histoire de la peste a longtemps été ancrée à la Peste noire qui a frappé l'Europe au XIVe siècle. Les chercheurs y ont ensuite ajouté la peste de Justinien au VIe siècle. Une nouvelle étude relayée par Science Daily repousse désormais la maladie bien plus loin : jusqu'à des communautés de chasseurs-cueilleurs du Néolithique, des milliers d'années avant l'essor de l'agriculture.

L'article présente l'ADN ancien de deux individus exhumés dans le sud-ouest de la Sibérie. La datation au carbone 14 situe les sépultures vers 3 500 av. J.-C., soit 5 500 ans avant notre époque. L'analyse génomique confirme une forme de Yersinia pestis portant tous les gènes de virulence essentiels.

Cela recadre le récit classique de l'évolution de la peste. La vision dominante faisait de la peste une maladie des sociétés agricoles sédentarisées, où la densité du triangle rongeur-puce-humain rendait la transmission viable. Ce cadre situait les premières souches humaines au début de l'âge du bronze.

La nouvelle découverte ne renverse pas ce cadre, mais l'élargit nettement. Les deux individus appartenaient à des communautés réduites de chasseurs-cueilleurs. La densité des sépultures voisines pourrait signaler une transmission épidémique ; l'équipe va échantillonner d'autres tombes du même site.

Deux traits génétiques se distinguent. Premièrement, la souche ne possède toujours pas le gène ymt qui permet la transmission par la puce. La diffusion bactérienne se serait donc faite par gouttelettes respiratoires ou contact direct, et non par les puces du tableau médiéval.

Deuxièmement, les blocs de gènes de virulence sont globalement comparables aux variants médiévaux. Cela suggère que la bactérie n'a pas de passé sibérien mystérieux, mais qu'elle circulait dans de vastes régions du monde bien avant la pandémie du XIVe siècle.

La découverte s'inscrit dans un débat plus large sur l'origine des maladies épidémiques. L'agriculture sédentaire, le contact étroit avec les animaux domestiques et la densité de population ont été les conditions classiques pour qu'un nouveau pathogène saute à l'humain. La peste complique ce cadre : le saut animal-humain pouvait se produire dans des structures de population plus lâches.

Un auteur déclare à Science Daily que « les chasseurs-cueilleurs étaient plus mobiles et plus interconnectés qu'on ne le suppose souvent ; cette mobilité convenait aussi à la transmission des pathogènes ». Les vastes steppes sibériennes sont reliées par des couloirs saisonniers de troupeaux.

L'étude conserve une pertinence actuelle en santé publique. La peste est aujourd'hui détectée à raison d'environ 1 000 à 2 000 cas par an à Madagascar, dans l'ouest des États-Unis et dans la Chine rurale ; avec un traitement, la mortalité tombe sous les 10 %, mais le diagnostic rapide reste critique.

L'ADN ancien a réécrit l'histoire des maladies plusieurs fois la décennie passée. Les génomes de la tuberculose, de la variole et de la syphilis ont été repoussés dans le temps. La nouvelle barre de « première preuve humaine » à 5 500 ans pour Yersinia pestis approfondit encore la place des maladies épidémiques dans l'histoire humaine.